Organisation
Die Nationalpark Donau-Auen GmbH ist eine gemeinnützige Gesellschaft mit dem Bund sowie den Ländern Niederösterreich und Wien als Gesellschafter. Die Mitarbeiter der Gesellschaft zeichnen für die Bereiche Besucher, Kommunikation sowie Naturwissenschaften verantwortlich. Dazu gibt es noch die Nationalparkranger, die im Bildungsbereich tätig sind. Sie begleiten Führungen und Exkursionen im Nationalpark.
Die Beiräte
Zur Wahrung regionaler Interessen wurden Beiräte ins Leben gerufen. Die niederösterreichische Landesregierung bestellt die Beiräte, die zur Vertretung der regionalen Interessen eingesetzt werden. Gebildet werden sie von den 13 Vertretern der einzelnen Nationalparkgemeinden, Vertretern der niederösterreichischen Landwirtschaftskammer, der Wirtschaftskammer, des Jagd- und Fischereischutzverbandes sowie Vertretern der regional tätigen Umweltschutzinstitutionen.
Der Wiener Nationalparkbeirat hat eigene Gremien in den Bereichen Öffentlichkeitsarbeit, Besucherlenkung und Fischerei eingerichtet. Auch die Mitglieder in den Gremien werden aus Vertretern der Wiener Kammern und Verbände zusammengesetzt.
Unterstützt werden diese Beiräte durch örtliche Interessensvertreter sowie einem wissenschaftlichen Beirat. Ein örtlicher Beirat arbeitet noch in Orth an der Donau. Dem wissenschaftlichen Beirat gehören in erster Linie Experten aus den Fachbereichen, Zoologie, Botanik, Limnologie, Land- und Forstwirtschaft, sowie der Landschaftsplanung und der Wasserwirtschaft an.
Die Geschäftsführung
Als Direktor des Nationalparks fungiert derzeit Carl Manzano. Er wurde 1953 in Wien geboren und studierte dort Biologie sowie Politologie. Er arbeitete zuerst an der Universität für Bodenkultur in Wien und später als Schriftührer in der Ökologiekommission der österreichischen Bundesregierung. Außerdem engagierte er sich in zahlreichen NGOs und seit 1. Januar 1997 ist er Direktor des Nationalparks Donau-Auen.
Das Nationalparkhaus Wien Lobau wird indessen von den Land- und Forstwirtschaftsbetrieben der Stadt Wien geleitet. Es fungiert als Besucherzentrum für den Wiener-Teil des Nationalparks Donau-Auen. Dort wird die Auenlandschaft einem breiten Publikum präsentiert und der Park bietet ausreichend Raum zur Entspannung und Erholung.